أما بعد اندلاع الحرب في 15 أبريل 2023، فقد صارت المساجد أهدافاً مشروعة للأطراف المتحاربة واستهدف القصف العديد من الأئمة الذين أيدوا وقف الحرب، مما أفضى إلى تنفيذ اعتقالات. وفي ولاية الخرطوم وحدها، تعرض ما لا يقل عن 12 مسجداً للقصف. ووقعت حوادث مماثلة في الجنينة في غرب دارفور والفاشر في شمال دارفور. وفي 23 يونيو 2024، استهدفت قوات الدعم السريع مسجد التجانية الصوفي في حي التجانية، الفاشر، حيث كان السكان قد لجأوا إلى المسجد. وأسفر هذا الحادث عن مقتل ثمانية أطفال وإصابة ما لا يقل عن اثني عشر آخرين، من بينهم أطفال. ومما يجدر ذكره هنا أن القائد العام لقوات الدعم السريع، اللواء محمد حمدان دقلو، وشخصيات مهمة أخرى مثل موسى هلال واللواء علي يعقوب، مرتبطون بالطريقة التجانية الصوفية.